Son labeur acharné dans les commissions, ses rapports lumineux, ses interventions à la tribune lui valurent d’être distingué par le Prince-Président qui le nommait Gouverneur de l’île Bourbon par décret du 16 février 1852.

Dès que la nouvelle de sa nomination est connue dans la colonie, les manifestations de joie se succèdent. Le chaleureux accueil est dû au fait qu’il ne s’agit pas là d’un gouverneur comme les autres : la colonie est pour la première fois de son histoire dirigée par un de ses enfants, le premier se revendiquant créole. Il atteint son île le 8 août 1852 à bord de la frégate « La Belle-Poule ». 

Il donne la pleine mesure de ses talents grâce à son esprit d’organisation. Une impulsion jusque-là inconnue est donnée aux grands travaux publics, au commerce, à l’industrie, à l’agriculture. Par son prestige personnel, ses heureuses initiatives, la promptitude de ses réalisations sur le plan économique comme sur le plan intellectuel, la prospérité gagne toutes les classes de la société. L’aisance pénètre dans les plus modestes foyers. Sans impôts nouveaux, le budget de l’île s’accrut considérablement. C’est, au dire des historiens, l’âge d’or de La Réunion, dont Hubert Delisle a été, sans contredit, l’un des plus grands Gouverneurs.

Au nombre des lettres de l’Empereur conservées par ses descendants, il s’en trouve une où il est écrit : « Non seulement, Monsieur le Gouverneur, vous avez rempli votre mission, mais vous avez dépassé mes espérances ».

Le 9 février 1853, l'île apprend le rétablissement de l’Empire et des fêtes sont organisées. La première tâche du gouverneur, qui n’est pas la plus facile, est de prendre la mesure des problèmes en cours en faisant une tournée des communes de l’île pour stimuler les énergies. Il lance immédiatement une politique de grands travaux. « Il faut doter l’île d’infrastructures efficaces », disait-il. Il veut remettre les affranchis au travail et faciliter l’immigration de nouveaux engagés. Pour cela, Hubert Delisle lance une campagne de travaux dans toute l’île. En quelques années, les chantiers s’accélèrent et se multiplient. Toutes les communes qui n’en avaient pas encore, se dotent d’églises et de chapelles en dur. La plupart des vieux clochers réunionnais d’aujourd’hui ont été construits à cette époque. C’est le cas de Sainte-Suzanne. Et pour que le chef-lieu ne soit pas en reste, on vote les fonds nécessaires à la construction d’une cathédrale à Saint-Denis en 1856.